摘要蛋白质组与细胞表型敏感性数据集对解析化学蛋白质组学及药物作用机制至关重要但注释不统一、标识符不兼容、数据处理方法各异等问题导致异构数据整合难度较大。本文介绍ProteomicsDB的重大更新该平台整合1,300余组蛋白质组、1,000组转录组谱以及覆盖1,500余种人类癌细胞系与1,470种药物的细胞表型敏感性数据。通过统一细胞系与药物命名、采用标准化剂量-反应曲线归一化与重拟合流程实现跨研究的一致性、高统计稳健性分析。平台新增大图形用户界面支持细胞敏感性数据交互式探索、药物作用下蛋白靶点与剂量分辨蛋白表达变化分析以及细胞系表达谱比较。本次更新强化了ProteomicsDB作为蛋白质组与多组学核心枢纽的定位为研究者提供统一框架在分子水平联合解析表型细胞敏感性与剂量分辨表达蛋白质组数据支撑生物标志物发现、药物重定位与精准医学应用。https://www.proteomicsdb.orgmathias.wilhelmtum.de#ProteomicsDB #药物作用机制 #多组学整合 #细胞敏感性 #剂量分辨蛋白质组 #癌症细胞系 #剂量反应曲线结果表型细胞敏感性数据的直观探索图1 用于可视化探索与筛选细胞系-药物组合的细胞敏感性视图以阿法替尼敏感细胞系筛选为例A从各类可用数据集与已测细胞系-药物组合中选取CTRPv2数据集所有细胞系对阿法替尼的响应数据。B利用平行坐标图通过各坐标轴可拖动滑块筛选具有高显著性、下调趋势且药物效价符合EGFR靶点结合浓度范围的曲线各坐标轴末端数字为当前筛选的上下限通过曲线倍数变化效应量与pEC50将细胞系-药物组合投射至2维空间按显著性着色下方按钮支持坐标轴选择、筛选重置与图表下载。C选取预期pEC50范围内两条高显著性下调曲线用于绘制拟合剂量-反应曲线。D以不同颜色展示所选细胞系-药物组合的曲线包含各重复的标准化响应值与拟合剂量-反应曲线支持图表下载。E以表格形式展示所选数据集各筛选参数对应列顶部筛选器支持精准数据筛选与平行坐标图滑块联动复选框可选择用于曲线绘制的细胞系-药物组合所有图表随筛选实时更新细胞系与药物名称分别链接至细胞系中心视图与药物中心视图支持以CSV或Excel格式下载数据。药物中心视图图2 ProteomicsDB中的药物中心分析A阿法替尼「靶点」标签页展示其结合力最强的靶蛋白EGFR数据。B利用蛋白-药物互作分析工具通过水平剂量与垂直阈值滑块动态设定靶点识别浓度阈值右侧图表仅着色显示符合当前滑块条件的互作3 nM阿法替尼下仅EGFR出现50%效应。C高剂量1131 nM下第2个蛋白MAPKAPK2出现50%响应点击图表中对应边可直接将剂量设为该蛋白-药物互作的EC50。D阿法替尼药物中心页面的ddPTM标签页提供翻译后修饰PTM数据表筛选强负向倍数变化≤0.2且EC50符合EGFR结合浓度范围1–10 nM的曲线按拟合优度R²降序排列展示3种磷酸化肽段在检测剂量范围内的响应左图以及EC50整体分布右图EGFR结合浓度范围内响应频率较高。细胞系中心视图图3 细胞系BT-20的细胞系中心视图概览与表达谱标签页A细胞系概览页以键值对形式展示ProteomicsDB内部条目及所有外部数据库注释左侧为细胞osaurus右侧为布伦达组织本体BTO登录号可跳转至外部资源对应细胞系主页左侧导航栏列出各类实验数据标签页数字为对应数据量。B按所选组学类型与定量计算方法以表格与直方图展示表达谱表达数据表格支持搜索与筛选选中条目如ESYT2蛋白在直方图对应表达量区间高亮表格数值为各蛋白/转录本所有样本标准化表达量的中位数「显示更多」可展开条目对应样本列表点击行可查看对应蛋白的鉴定肽段支持蛋白验证蛋白质组选中肽段可跳转至蛋白中心肽段谱图视图获取完整谱图信息支持下载高清PNG或可编辑SVG矢量图表。图4 与其他细胞系/组织的表达谱比较该功能支持选取第2种细胞系/组织进行双变量表达分析每个点代表1个蛋白表达量为所选样本各细胞系/组织的聚合中位数当前细胞系为x轴所选细胞系为y轴以拟合直线与皮尔逊相关系数反映一致性如乳腺癌细胞系BT-20与MDA-MB-468相关性较高皮尔逊r0.83鼠标悬停可查看点对应蛋白信息与两细胞系精确表达量点击可跳转至蛋白中心视图支持切换为点密度可视化2种图表均可下载高清PNG或可编辑SVG矢量图。详细总结思维导图核心数据整合参考Nucleic Acids Res. 2026 Jan 6;54(D1):D470-D480. doi: 10.1093/nar/gkaf1265.Mapping drug mechanisms with ProteomicsDB: unified omics and cell sensitivity data at scale260106ProteomicsDB.pdf注AI辅助创作如有错误欢迎指出。内容仅供参考不构成任何建议。